Apesar de ser uma área protegida, no interior da UC existem áreas alteradas por desmatamentos, principalmente na faixa do ecossistema de cerrado, ao sul e sudoeste. Há pequenas criações de búfalo, com ocorrência de incêndios nas áreas de criação durante o verão.
No interior do Parna há também duas comunidades: Vila Taperebá e Vila Velha. Embora essas ocupações sejam incompatíveis com a categoria da UC, seus moradores possuem um bom relacionamento com o ICMBio, o órgão gestor da UC. Esses moradores devem ser indenizados e reassentados.
Além disso, a parte costeira do Parna, que abrange uma faixa marítima de 10 quilômetros de largura, sofre grande pressão da pesca clandestina. Por ser rica em pescado, a área é explorada por pescadores de outros estados e de outros países. A grande extensão da área e o número insuficiente de técnicos no órgão gestor dificultam seu gerenciamento, monitoramento e fiscalização.
No entorno do Parna, por sua vez, a existência de assentamentos, terra quilombola (Vila Cunani ao sul) e indígena (TI Uaçá a oeste) e a BR-156expõe a área a algumas pressões antrópicas. Foi identificada a ocorrência de desmatamento, caça, pesca, coleta predatória de caranguejo e de ovos de tartaruga.